巴赫可称得上是“管风琴之王”。管风琴是巴赫一生的主要创作工具，也是最能体现他演奏艺术的乐器。巴赫生前作为一个管风琴演奏家的名气远超过了他作为作曲家的声望。巴赫首创了五指并用的管风琴演奏技巧（此前的音乐家很少用拇指触键），并高度发展了运用踏板的技巧。
1714年底，巴赫访问了卡塞尔城，为弗里德里希亲王演奏了管风琴，引起了轰动。时隔多年后，有人这样回忆当时的情形：“他的脚在踏板上飞行，仿佛是长了翅膀一样，使得声音像暴风雨中的雷鸣闪电一样在回响。亲王脱下手指上的戒指赠给了他。试想，如果巴赫熟练的脚也得到这样的赠与，那么亲王又将以何物去奖励他呢？”
一位着名音乐家在巴赫逝世后这样评价他：“就像希腊只有一个荷马，罗马只有一个维吉尔，德国也只有一个巴赫。无论是在作曲艺术或管风琴和羽管键琴的演奏上，全欧洲迄今还没有人能与他相比，将来也不会有人能超过他。”
巴赫的另一样绝技是即兴演奏。他的儿子之后回忆说，父亲经常即兴弹奏不可名状的美妙旋律，一连几个小时都不停，没有一首谱写下来的曲子能够与之相媲美。1720年，巴赫前往吕贝克访问了97岁高龄的管风琴大师赖因肯，并根据他的主题即兴演奏了幻想曲《在巴比伦河畔》，一连两个小时，才思化作美妙的音符汩汩流淌出来。赖因肯惊叹道：“我原以为这门（即兴演奏）艺术已经死去，此刻我看到它在你身上还活着。”
据说巴赫还喜欢到郊外乡村简陋的小教堂弹奏。有一次，一位久闻巴赫大名但并不相识的乡村风琴师听过巴赫用简陋的管风琴弹出了惊人美妙的音乐时，他对眼前这位非凡的陌生人说：“您如果不是伟大的巴赫，就是一位来自天堂的天使。只有他有这样的技艺！”